Основное преимущество электронных денег перед обычными безналичными расчетами  чрезвычайно низкая стоимость транзакций, особенно внутренних (перечисления с кошелька на кошелек). Низкая стоимость транзакций делает возможным применение электронных денег для осуществления микроплатежей, для чего обычные безналичные средства малоприменимы. Это преимущество с течением времени становится все более и более важным.

Наиболее известное преимущество электронных денег — анонимность их использования, сравнимая с наличными средствами, а также очень простое вхождение в систему. Вам не нужно идти в банк, заключать какие либо договора, предоставлять документы, и т. д. Обзавестись собственным кошельком и получать или отправлять платежи можно практически мгновенно, не вставая изза компьютера. Это преимущество в основном и привело к широкому распространению электронных денег, в том числе и в России. На данный момент это преимущество несколько теряет свою силу, в основном в связи с попытками государства обеспечить регулирование оборота электронных денег, что в какойто степени уравняет их с банковскими счетами, и лишит большей части анонимности.
Операции с Электронными деньгами, в отличие от безналичных платежей, имеют существенно более низкие требования к обеспечению безопасности, что позволяет легко использовать их, например, в мобильной коммерции.

Еще одно значимое преимущество электронных денег в том, что почти все операции с ними происходят в режиме онлайн, и занимают очень мало времени. Переводы средств с одного кошелька на другой происходят практически мгновенно, время совершения внешних платежей определяется только скоростью работы платежной системы.
В России электронные деньги занимают особое положение, так как в связи с очень низким уровнем распространения персональных банковских услуг на текущий момент, электронные деньги являются единственным используемым способом безналичных расчетов для очень большого количества людей.